فریدون آدمیت در کتابی که در باب زندگی او به رشته تحریر درآورده است، با نوعی شیفتگی و تجلیل به میرزا آقاخان کرمانی نظر می‌کند، اما به نظر می‌رسد او بیش از آن که تحت تأثیر افکار جدید مسیر تفکری واحد و اثرگذار را دنبال کند، اندیشه‌های جدید را در مسیر تحولات زندگی شخصی و حالات روحی خود به کار برده است.
بستر خانوادگی
میرزا آقاخان کرمانی به سال ۱۲۷۰ در بردسیر کرمان دیده به جهان گشود. پدرش از ملاکین سرشناس منطقه بود و برخی این خاندان را در زمره «اهل حق» کرمان آورده اند. در روایتی دیگر جد پدر آقاخان از پیروان
دین زرتشت بوده است که بعدا
اسلام آورد. جد مادری او نیز در زمره فقیهان کرمان بود که به تصوف روی آورد.
چنین پیشینه خانوادگی بعد‌ها در ربط با شرایط اجتماعی شالوده تفکرات و رویکرد‌های او را پایه ریزی کرد. آن جا که به دفاع شیفته وار از
تاریخ ایران باستان می‌پردازد، رگه‌های گذشته دیرپای باورمندی به آیین زرتشت را حمل می‌کند و علاقه اش به عرفان و حکمت وابسته به تعالیم «اهل حق» و گروه‌های صوفیه است.
میرزا آقاخان تحصیلات ابتدایی را در بردسیر به اتمام رسانید و تا سن سی سالگی را در کرمان سپری کرد. این امر در شکل گیری ذهنیت او درباره قدرت تأثیرگذار بود. چرا که کرمان یکی از شهر‌هایی بود که حکام محلی در آن دست اندازی زیادی به اموال مردم داشتند و، چون پدر میرزاآقاخان درگذشت، وی بر سر مالیات اموالش با «عبدالحمید میرزا ناصرالدوله فرمانفرما» حکمران وقت کرمان درگیر شد.
برخی همین درگیری‌ها را علت خروج او از کرمان دانسته اند، اما به روایتی دیگر سرپرستی مالیه بردسیر برعهده او گذاشته شد و، چون نتوانست منافع حکمران را تأمین کند از کار برکنار و پس از آن راهی
اصفهان شد.
بابی ازلی تمام عیار
برخی از منابع خروج میرزاآقاخان از کرمان را محصول گرایش به بابی گری آورده اند که در نتیجه دعوت ملا محمد جعفر کرمانی پدر شیخ احمد روحی صورت گرفته بود. ظاهرا شور و شوق او برای این آیین جدید نه مورد استقبال خانواده بود و نه مردم شهر حاضر به پذیرش این تغییر همراه با تبلیغ بودند.
در اصفهان او در جلسات سری آیین بابی شرکت داشت و به علاوه با محفل ادبی که در آن شهر تشکیل شده بود ارتباط برقرار کرد. ظاهرا او در اصفهان با دستگاه حکومتی ظل السلطان نیز مرتبط شد، اما این حضور دیری نپایید. زمانی که «شیخ احمد روحی» به اصفهان آمد، با وی راهی
تهران شد.
میرزا آقاخان به تصور آن که در پایتخت امکانی برای دادخواهی مالی فراهم است، اقدام به شکایت از تعدیات حکمران کرمان کرد، اما تلاش او نه تنها با موفقیت همراه نشد بلکه حاکم کرمان خواهان دستگیری و استرداد او به آن شهر شد.
به علاوه مادر و برادرش با هم دستی یکدیگر به استناد خروج وی از دین تلاش کردند که او را از ارث محروم کنند و موفق شدند. در میانه چنین کشمکشی بود که آقاخان ناامید از دادخواهی ترجیح داد به همراه دوست دیرین خود «شیخ احمد روحی» راهی استانبول شود. در آن روز‌ها آقاخان به لحاظ مالی سخت در مضیقه قرار داشت، اما شوقی مذهبی تحمل شرایط دشوار را هموار کرده بود. مدتی بعد آنها توانستند با مراد خود «صبح ازل» که نایب «بهاءالله» بود دیدار کنند.
پس از این دیدار شیفتگی آنها نسبت به این آیین بسیار زیاد شد و هر دو دختران صبح ازل را به همسری گرفتند، اما هر دو ازدواج به جدایی انجامید. آقاخان در مدت حضور در استانبول با محافل روشنفکری آن جا ارتباط برقرار کرده بود و در برخی روزنامه‌ها از جمله «اختر» و «قانون» مطلب می‌نوشت. به علاوه برای تأمین معاش و گذران روزگار در مدرسه ایرانیان به تدریس مشغول شد.
تحولات فکری
ده سال اقامت در
عثمانی آغاز تحولات فکری آقاخان بود. او با زبان ترکی استانبولی آشنایی پیدا کرد. زبان انگلیسی را ارتقا داد و
فرانسه را که پیش‌تر در ایران فراگرفته بود، به حد کمال رسانید. به این ترتیب کار آشنایی با افکار دنیای جدید برای او تسهیل شد.
یحیی آریان پور در کتاب خود درباره ایران جدید، میرزا آقاخان را این گونه توصیف می‌کند: «با توجه به عقایدی که میرزا آقاخان کرمانی در نوشته هایش ابراز کرده، می‌توان نتیجه گرفت که او آثار دکارت، روسو، ولتر، مونتسکیو، اسپنسر و داروین را مطالعه کرده است. آثار او همچنان نشان دهنده دانش او در باب نهضت‌های سوسیالیستی و آرمان شهرهای قرن نوزدهم است.»
آقاخان کرمانی طی حضورش در استانبول با تحولات روحی و فکری گوناگونی مواجه شد. از گرایش و نزدیکی به ازلی‌ها تا همکاری و همفکری با سید جمال الدین اسدآبادی در ایده اتحاد اسلام؛ اما به زودی از همه این‌ها سرخورده شد. وی در ادامه حضورش در عثمانی با برخی از افکار جدید مانند ماتریالیسم تاریخی، سوسیالیسم، آنارشیسم و نیهیلیسم آشنایی پیدا کرد.
هم زمان با محافل درونی عثمانی و روشنفکران آن کشور از جمله «ترکان جوان» رفت و آمد داشت و از افکار آنان تأثیر پذیرفت. او با هر گرایشی آشنایی پیدا می‌کرد بازتاب آن را در تفکر و نوشته‌های خود می‌آورد. به ویژه مسأله ناسیونالیسم به مرور در میان دیدگاه‌های او پررنگ شد و این امر را با حملات شدید به اسلام دنبال می‌کند.
ناسیونالیسم آقاخان محصول آشنایی او با شماری از خاورشناسان و تسلط بر زبان فرانسه به عنوان خاستگاه ناسیونالیسم بود. به علاوه او در مدت اقامتش در عثمانی مطالعات خود را در باب دین زرتشت افزایش داد و تلاش کرد ایران پیش از حمله
اعراب را جامعه‌ای آرمانی نشان دهد. به این ترتیب بخش زیادی از تعریفی که از ناسیونالیسم برای مدت‌ها در ایران جریان داشت بازتاب ایده‌ها و اندیشه‌های او در این دوران است.
مرگ هولناک
دوره حضور سیدجمال در استانبول به تشکیل انجمنی به عنوان «اتحاد اسلام» با حضور شماری از ایرانیان و نخبگان
ترک انجامید. شیخ احمد روحی و میرزا آقاخان کرمانی از اعضای این انجمن بودند و تلاش داشتند که از طریق ارتباط با روحانیون در دیگر کشورهای مسلمان اقدام به پیشبرد ایده اتحاد اسلام کنند. این نامه‌ها سرشار از مطالب انتقادی علیه حکومت‌های استبدادی از جمله ایران بود.
زمانی که یکی از نامه‌ها به صورت تصادفی از طریق جاسوسان به دست شاه رسید، بلافاصله از دولت عثمانی خواستار دستگیری و تحویل سید جمال و میرزا آقاخان به ایران شدند. سلطان عبدالحمید حاضر به این کار نشد، اما فشار‌ها چنان افزایش پیدا کرد که آقاخان تلاش کرد از طریق ملکم به اروپا برود، اما این امر امکان پذیر نشد و در نهایت او را به طرابوزان تبعید کردند.
انجمن اتحاد اسلام در زمان فعالیت خود می‌کوشید با ایرانیانی که برای دیدار سید جمال یا فعالیت‌های بازرگانی به استانبول می‌آمدند، گفت: وگو کرده و آنان را به قیام علیه استبداد تشویق کنند. یکی از این اشخاص «میرزارضا کرمانی» قاتل آتی ناصرالدین شاه بود که در استانبول با سید جمال و میرزاآقاخان کرمانی دیدار کرد و این هر دو با توجه به کینه‌های قبلی، او را به مقابله با ظلم شاه در برابر ستمی که حاکم تهران به او کرده بود فراخواندند. پس از قتل شاه، میرزارضا شرحی از این ملاقات را در بازجویی‌های خود بیان می‌کند و در نتیجه حکومت ایران خواستار استرداد مباشرت کنندگان در قتل شاه می‌شود.
امری که برای «سلطان عبدالحمید» نیز بیم جان را به دنبال داشت و دستور داده شد، میرزاآقاخان، شیخ احمد روحی و حاج میرزا حسن خان خبیرالملک به ایران تحویل داده شوند. آنها را تحت الحفظ تا مرز ایران بردند و به وسیله مأموران ایرانی به باغی در شمال تبریز منتقل شدند.
با نظارت «محمدعلی میرزا» ولیعهد مظفرالدین شاه در ۲۷ تیرماه ۱۲۷۵ سر آنها را بریدند و پس از پر کردن آنها با کاه به تهران ارسال کردند. اتهام بابی گری دلیل محکمی بود که شاه از طریق آن توانست با دشمنان دیرین نهاد سلطنت تسویه حسابی خشونت آمیز داشته باشد. 
